您好，感謝邀請。
1）關于行程
您的行程總體不錯，個別地方稍加調整一下會更完美。
D2：順序調整為南京博物院—總統(tǒng)府—東南大學四牌樓校區(qū)，南師大隨園校區(qū)毗鄰先鋒書店五臺山店，所以調整到D4下午或D5的上午。另外，南博內可以看的地方比較多，如果細細品味至少要花4個小時以上，所以東大也可和雞鳴寺那天放在一天，兩者只有一站路距離，可以通過公交304路銜接。
D3：這天的行程均在鐘山風景名勝區(qū)內，主要景點都有內部交通銜接。建議中山陵、明孝陵和靈谷寺三選二，音樂臺和美齡宮均與中山陵靠的不遠，美齡宮很推薦。
D4：行程順序調整為：雞鳴寺—玄武湖—獅子橋美食街。如果感興趣，還可以在雞鳴寺游覽完登上臺城，然后再從旁邊的解放門進入玄武湖。游覽至玄武湖的正門—玄武門，然后步行至獅子橋美食街。

2）推薦酒店：
A金太隆國際酒店：
靠近地鐵二號線大行宮站和一號線新街口站，樓下就有好幾家餐飲，包括對面的全民健身中心內和旁邊的游府西街內也有。在酒店對面就是公交站臺，很是方便。酒店距離新街口、總統(tǒng)府等都只有一站路。附近有家樂福超市。酒店環(huán)境很好，價位一般在300元左右每晚。
B古南都明基酒店：
距離玄武湖景區(qū)正門只有幾百米，門口有地鐵一號線和多路公交，位置在玄武湖公園和獅子橋美食街之間，對面有金茂匯，內有南京大牌檔等多家餐飲和小吃供您選擇，金茂匯負一樓有北京華聯(lián)的BHG超市。酒店隸屬于歷史悠久的古南都集團，各方面都還不錯。價位在250元左右每晚。
C南京新紀元大酒店：距離南京大學鼓樓校區(qū)700米左右，位于地鐵一號線珠江路站和鼓樓站之間（靠珠江路站貌似更近一點）。酒店外賣部的糕點和熟食都很好吃。附近的丹鳳街有金潤發(fā)超市和很多小吃?？拷戏宕髲B、江蘇廣電荔枝廣場、金鷹天地等，購物和餐飲配套集全。門口步行5分鐘有多路公交，交通便捷。價位在230元左右。

南京的酒店眾多且各種類型和檔次的都有，推薦三個供您參考，一般靠近地鐵的都比較方便。如果還有問題歡迎隨時再交流。

3）南博或總統(tǒng)府至東南大學四牌樓校區(qū)及南京師范大學隨園校區(qū)的交通：
公交201路至中山門站（南博）、總統(tǒng)府站（總統(tǒng)府）、四牌樓站（東南大學四牌樓校區(qū)）；如果到南師，在總統(tǒng)府換乘公交3路南陰陽營即可。

4）推薦其他南京有代表性的景區(qū)
A明城墻：正在聯(lián)合其他城市的古城墻申遺中，春節(jié)期間，各主要城墻上都懸掛了春聯(lián)，很是喜慶
B頤和路：南京最美的民國路
C濱江風光帶：中山碼頭附近，靠近獅子山閱江樓景區(qū)
D愛國主義教育基地：侵華日軍南京大屠殺遇難同胞紀念館和雨花臺烈士陵園

5）推薦南京的舊書店和舊書市：
楊公井的古籍書店，原址是老的中華書局。
南大宿舍區(qū)附近的廣州路上有一兩家舊書店，不知道現(xiàn)在還在不在。以前朝天宮附近有，現(xiàn)在好像也遷走了。另外南京有24小時開放的南書房，只是春節(jié)期間要休息一段時間，不知您是什么時候來南京？還有位于武定門城墻內的書店—金陵書院，很有特色！

6）推薦每天行程中的特色小吃餐飲：
D1：蓮湖糕團店、永和園、奇芳閣
D2：總統(tǒng)府附近的1912歷史文化街區(qū)（中高檔餐飲為主）和科巷文昌巷內的鴻福面、福印板栗、酥燒餅等
D3：紫嵐里街區(qū)的奶酪時光、苜蓿園地鐵站旁的南京大牌檔、中山陵青年旅館的附屬餐廳
D4：獅子橋的天嘗里脊、雞鳴湯包、韓復興、小熊糖葫蘆
D5：南師大對面的金良酸菜魚和吳家生煎包

希望可以幫到您。如果還有什么問題，歡迎隨時追問。
祝您南京之旅開心！